巴东紫堇，灰绿色草本，高15-30厘米。
根茎粗短，长约1厘米，顶端常分裂，具基生叶和并发数条萎软的茎。
茎具叶，不分枝至具少数腋生小枝。
茎生叶互生，具长柄；
叶柄基部具鞘；
叶片绿色，下面灰绿色，二回三出，一回羽片具短柄，二回羽片近无柄，卵状长圆形，基部楔形，下延，约长1-1.5厘米，宽5-10毫米，具缺刻状齿或圆齿，齿端急尖或多少具短尖。
总状花序具4-8花，较疏离。
下部苞片叶状，具柄，明显长于花梗，上部的三深裂至长圆状楔形，具缺刻状齿，约与花梗等长至短于花梗。
花梗纤细，长1-2厘米。
萼片小，近条裂达基部。
花淡紫色，近平展，长1.8-2厘米。
上花瓣渐尖，瓣片具波状圆齿，顶端稍后具鸡冠状突起；
距圆筒形，向后稍变狭，长约1.2厘米，明显长于瓣片；
蜜腺体短，长约3毫米，末端稍增粗。
下花瓣非常特殊，瓣片近爪渐缢缩，多少下弯；
爪明显长于瓣片，向后渐宽展，前后形成大小不等的二囊。
内花瓣顶端着色较深。
柱头扁四方形，宽度大于长度，前端稍下凹，具4乳突，两侧稍下延，具2对双生乳突。
蒴果宽卵圆形，约长1.2厘米，宽3-5毫米，两端渐尖。
