马尔康柴胡，多年生草本，根增粗成锥形，紫褐色。
茎3-5，高30-65厘米，茎直立，较细而硬挺，直径2-3毫米，节间很短，基部紫色，表面有细纵条纹。
基生叶多，狭线形，深绿色，质稍硬挺而厚，叶背绿色，长10-15厘米，宽2.5-5毫米，顶端渐尖，基部微狭或不变狭窄成鞘，抱茎，5-7脉；
茎中、上部叶与基生叶同形而小，顶端渐尖，基部略窄半抱茎，3-5脉。
复伞形花序多而小，花序直径1-2厘米；
花序梗常带紫色；
总苞片很小，2-3片，线形或鳞片状，不等大，长1-5毫米，宽0.5-1毫米，顶端渐尖，1-5脉；
伞辐3-5，很少更多，长1-2厘米，直挺；
小伞形花序很小，直径4-6毫米，花7-11；
小总苞片5，披针形，长2-2.5毫米，宽0.6-0.8毫米，略短于或等于小伞形花序的长度，顶端渐尖，基部不收缩，3脉，向背部突出；
花黄色，直径约1毫米；
花柄长1毫米或更短；
花瓣的小舌片小，近方形，长度为花瓣全长的1/4，顶端2裂；
花柱基厚，盘形，直径阔于子房很多。
果实卵状椭圆形，褐色，长2.5-3毫米，宽1.5-1.8毫米，果柄长1-1.5毫米。
每棱槽中油管3，合生面4。
花期7-9月，果期9-10月。
