三辐柴胡，多年生矮小草本。
茎单生或2-3，直立，高7-20厘米，很少30厘米。
基生叶较少，线形、披针形至椭圆状或卵状披针形，长2.5-10厘米，宽3-10毫米，顶端钝尖或急尖，下部渐狭，3-5平行脉；
茎生叶1-4片，无柄，狭卵形或披针形，顶端渐尖或钝尖，基部圆形略狭或耳状抱茎，长1.5-6厘米，下部最宽处宽3-7毫米，5-15脉。
复伞形花序1-3，直径2-5厘米；
伞辐2-3，直立，较粗，略等长，长1-2.5厘米；
总苞片1-3，卵形或广卵形，顶端急尖或钝尖，长6-20毫米，宽2.5-10毫米，较伞辐短，7-19脉；
小总苞片5-8，质薄，黄色或黄绿色，有时带红或蓝紫色，长4-8毫米，宽4-7毫米，顶端圆钝或急尖，有小突尖头，基部圆形微相连，5-7脉，长过于小伞形花序；
小伞形花序直径8-15毫米，有花18-26，花柄长1-2毫米；
花瓣黄色或外面带紫色，有时紫褐色，边缘及内面黄色，反折处平，中脉不凸起，小舌片较大，方形；
花柱基深黄色，比子房宽。
果长椭圆形，长2.5-3毫米，宽1.5-2毫米，果柄长1-1.5毫米，红棕色；
果棱线状，明显，每棱槽中油管1-3，合生面2-4。
花期7-8月，果期8-9月。