短叶黄秦艽，多年生草本，高15-30（50）厘米。
主根粗壮，长10-12厘米，直径2-3厘米。
茎直立，中空，近圆形，有细条棱，不分枝。
基部叶具长柄，叶片矩圆状匙形，长7-10厘米，宽2-2.5厘米，先端圆钝，全缘，叶柄细，长10-15厘米；
茎生叶3-6对，无柄，椭圆形或卵状椭圆形，长4-5（9）厘米，宽至3厘米，先端钝，全缘，叶脉10-12条。
圆锥状复聚伞花序；
总花梗长达4厘米，小花梗长1-2毫米；
花4数；
花萼裂片三角状披针形，长1.5-2毫米；
花冠污白色，具紫色细条纹和斑点，裂片倒披针形，长5-7毫米，宽约3毫米，先端钝，中部具2个绿色的大腺斑；
雄蕊稍短于花冠，花丝与花冠同色；
子房甚短，高仅达腺斑处。
蒴果无柄，卵圆形，长1-1.5厘米；
种子盘状，长约5毫米，宽3-4毫米，表面具蜂窝状网隙，周缘翅宽达1毫米。
花果期6-8月。