黄秦艽，多年生草本，高30-45（85）厘米，全株光滑，基部有枯存的黑褐色残叶，主根粗壮，黄色，圆锥形。
茎直立，粗壮，黄绿色或上部紫色，中空，圆形，有细条棱，不分枝。
基部叶呈莲座状，具长柄，叶片矩圆状匙形，长5-14厘米，宽1.2-2.5厘米，先端圆形或钝圆，基部渐狭，边缘平滑，叶脉3-5条，在下面细而明显，叶柄细，长（2）5-8厘米；
茎生叶多对，无柄，卵状椭圆形，长3.5-8厘米，宽1.3-3.5厘米，愈向茎上部叶愈小，先端钝，基部圆形，半抱茎，边缘平滑，叶脉3-5条，在下面细而明显。
圆锥状复聚伞花序异形，雌株花较少，花序狭窄，疏松，雄株花甚多，花序宽大，密集；
花4数；
花萼分裂至近基部，萼筒甚短，裂片先端钝，边缘平滑，脉1-3条，细而明显或否，雌花的萼片长4-5毫米，卵状披针形，雄花的萼片长2-2.5毫米，线状披针形；
花冠黄绿色，有紫色脉纹，长6-7毫米，冠筒短，长仅1.5-2毫米，裂片矩圆状匙形，长4-5毫米，先端钝圆，雌花的先端常凹形，基部具2个紫色腺斑；
雄蕊着生于花冠裂片弯缺处，与裂片互生，雌花的雄蕊退化，甚小，长仅0.5毫米，雄花的雄蕊发育，花丝线形，长1.5-2毫米，花药椭圆形，长0.8-1毫米；
子房无柄，卵形，先端渐尖，花柱不明显，柱头小，2裂，雌花者长4-5毫米，雄花者不发育，长仅0.8毫米。
蒴果无柄，卵圆形，长6-7毫米；
种子深褐色，近圆形，直径1.7-2毫米，表面具细网纹。
周缘具宽翅。
花果期5-8月。
