祁连獐牙菜，多年生草本，高8-25厘米，具短根茎。
茎直立，黄绿色，中空，近圆形，具细条棱，不分枝，基部直径1-1.5毫米，被黑褐色枯老叶柄。
基生叶1-2对，具长柄，叶片椭圆形、卵状椭圆形至匙形，长1.6-6厘米，宽0.7-2.2厘米，先端钝圆，基部楔形或圆形，渐狭成柄，叶脉3-5条，在下面细而明显，叶柄扁平，长1.5-5厘米；
茎中部裸露无叶，上部有1-2对极小的呈苞叶状的叶，卵状矩圆形，长1-2厘米，宽0.2-0.5厘米，先端钝，基部无柄，离生，半抱茎，叶脉1-3条，在下面细而明显。
简单或复聚伞花序狭窄，长3-8厘米，具3-9花，幼时密集，后疏离；
花梗黄绿色，常带紫色，直立或斜伸，不整齐，长0.5-5厘米；
花5数，直径1-2厘米；
花萼长为花冠的2/3，在果时与之等长，裂片狭披针形，长8-11毫米，先端渐尖，具明显的膜质边缘，脉不明显；
花冠黄绿色，背面中央蓝色，老时呈褐色，裂片披针形，长（6）9-15毫米，宽5-7毫米，先端渐尖或急尖，基部具2个腺窝，腺窝基部囊状，边缘具长1-1.5毫米的柔毛状流苏；
花丝扁平，线形，长7-9毫米，基部背面具流苏状短毛，花药蓝色，椭圆形或狭矩圆形，长1.2-3.2毫米；
子房无柄，宽披针形，长5-7毫米，表面常有横的皱折，稀平滑，花柱不明显，柱头小，2裂，裂片半圆形。
蒴果无柄，卵状椭圆形，与宿存花冠等长；
种子深褐色，宽矩圆形或近圆形，直径0.9-1.1毫米，表面具纵皱折。
花果期7-9月。
