少齿黄芩，多年生半灌木；
根垂直，粗达8毫米；
根茎木质，稍粗，或甚细，分枝，其上发育出多数茎。
茎高6-20厘米，上升或有时近于直立，曲折或近于直伸，不分枝或有时甚分枝，钝四棱形，疏被倒向糙伏毛，在上部被有多少开展疏柔毛，毛间杂有具柄腺毛，常带紫色，节间比叶短或与叶等长。
叶片卵圆形，中部以下最宽，长（0.4)0.9-1.8厘米，宽（0.2)0.5-1.5厘米，先端钝或稍钝，基部圆形或宽楔形，边缘每侧具1-4圆齿状锯齿，个别叶有时全缘，两面绿色或背面稍淡，疏生糙伏毛及具柄腺毛，侧脉2-3对，斜上升，上面稍凹陷下面多少明显；
叶柄长2-5毫米，具糙伏毛。
花序总状，长3-5.5厘米，密集；
苞片卵圆状椭圆形或宽椭圆形，下部者最大，长达1.5厘米，宽达1厘米，先端稍钝或稍尖，基部宽楔形，近草质，全缘，或下部者每侧具1-2锯齿，全面相当密被平展长柔毛及具柄腺毛，绿色或常常深紫色；
花梗长达4毫米，扁平，密被短柔毛。
花萼开花时长2毫米，密被柔毛及具柄腺毛，盾片高达3毫米。
花冠长2.5-3厘米，淡黄色，上唇及下唇2侧裂片顶部淡紫色，下唇亦具紫斑，外稍密被疏柔毛及具柄腺毛；
冠筒基部膝曲，宽约2毫米，中部以上渐宽，至喉部宽达6毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，宽6毫米，先端微缺，下唇中裂片近圆形，宽约1厘米，先端微缺，2侧裂片短小，与上唇片靠合，卵圆形，宽约2.5毫米。
雄蕊4，均内藏，前对较长，具能育半药，后对较短，具全药，药室裂口具白色长髯毛；
花丝丝状，扁平，近无毛。
花柱细长，扁平，先端锐尖，微裂。
子房4裂，裂片等大。
花盘前方指状隆起，后方延伸成长0.5毫米的子房柄。
成熟小坚果未见。
花期7-8月。
