青海棱子芹，多年生草本，高15-40厘米。
根直伸，圆锥状，暗褐色，直径约1厘米。
茎粗壮，不分枝或上部有分枝，基部被褐色膜质残存叶鞘，下部常匍生石间，上部分枝多纤细。
基生叶和茎下部叶有长柄；
叶片轮廓卵形或卵状披针形，长5-8厘米，宽2-4厘米，2-3回羽状分裂；
一回羽片6-9对，无柄或近于无柄，下面数对1-2回羽状分裂，向上逐渐简化，变小；
末回裂片披针形，有突尖，长2-3毫米，宽约1毫米，叶柄扁平，向下逐渐扩大成鞘；
茎上部叶逐渐简化、变小。
顶生的复伞形花序直径10-15厘米；
总苞片7-11，倒披针形，长3-4厘米，顶端叶状分裂，基部渐狭，有白色膜质边缘；
伞辐15-25，不等长，中间的伞辐较短，长5-8厘米或更长；
小总苞片9-13，倒卵形或倒披针形，长6-8毫米，顶端叶状分裂，基部宽楔形，有宽的白色膜质边缘；
花柄压扁，有膜质翅，长6-8毫米；
花淡红色，花瓣倒卵形，长约2.5毫米，顶端钝，基部紧缩；
花药暗紫色，圆锥状，花柱直立。
果实长圆形，长5-6毫米，表皮密生细水泡状突起。
果棱有微波状翅，每棱槽有油管1，合生面2。
花期7月，果期8月。
