丽江棱子芹，多年生草本，高10-30厘米。
茎、叶和花序常带紫色，有奇臭味。
根粗壮，圆锥状，直径1.5-2.5厘米，下部有分枝，根颈部残存褐色叶鞘。
茎直立，短缩，有条棱，有粗糙毛，尤以花序下面较密。
基生叶或茎下部的叶有长柄，叶柄基部扩展成膜质鞘状；
叶片轮廓长圆形，长3-6厘米，宽1-3厘米，2-3回羽状分裂，末回裂片线形或披针形，长1-3毫米，宽0.5-1.5毫米，顶端钝或尖，有时2-3裂，基部楔形或下延，边缘和沿叶脉略粗糙；
茎上部叶简化，有较短的柄。
顶生复伞形花序较大，直径10-15厘米；
总苞片6-8，基部有宽的膜质边缘，顶端有明显的叶状分裂，长4-6厘米；
伞辐15-25，长5-8厘米，沿条棱有粗糙毛；
小总苞片与总苞片同形，较小，长1-2厘米，宽0.5-1厘米，比花长；
花多数，花柄长0.5-1厘米；
花瓣白色或粉红色，三角状倒卵形，长约2毫米，顶端尖，基部明显有爪；
雄蕊超出花瓣，花药紫红色；
花柱基圆锥状，花柱直伸。
果实卵圆形，暗褐色，表面密生水泡状微突起，长7-9毫米，宽3-4毫米，果棱有翅，呈明显啮蚀状，每棱槽有油管1，合生面2。
花期7月，果期8-9月。
