异伞棱子芹，多年生草本，高10-25厘米。
根粗壮，直伸，直径5-8毫米，下部常有分枝。
颈部密被棕刷状残存叶柄。
茎极明显地短缩，有条棱，分枝。
基生叶少数，与茎生叶同形，连柄长5-10厘米，叶柄基部呈宽鞘状，边缘为白色膜质；
叶片轮廓长圆形至狭卵形，3回羽状全裂，一回羽片5-7对，最下面一对有短柄或近于无柄，其余无柄，末回裂片线形至狭倒披针形，长2-4毫米，宽0.5毫米。
复伞形花序生于短缩茎的顶端，伞辐上升开展，8-15，不等长，长10-20厘米；
总苞片叶状，但较基生叶小而简化；
小伞形花序直径1-1.5厘米；
小总苞片10-15，长约10毫米，中部以下有白色膜质的宽边缘，上部2回羽状全裂，裂片线形；
花多数，花柄扁平，长3-5毫米；
萼齿明显，三角形，顶端钝；
花瓣白色，阔卵形至宽长圆形，基部有短爪，上部有时带紫红色，小舌片内曲；
花药深紫红色；
子房黑灰色，有波状棱；
分枝上的花序较小，伞辐仅4-6，长2-3厘米，总苞片和小总苞片与顶生伞形花序的总苞片相似，但明显简化。
未见成熟果实。
花期8月。