丽江茴芹，多年生草本，高10-40厘米。
根长圆锥形或圆柱形，长3-20厘米，径3-5毫米。
茎2-8，细柔，上部1-3分枝。
基生叶有细长的叶柄，包括叶鞘长2-10厘米；
叶片不分裂，心形或近圆形，长宽各1.5-2厘米；
茎中、下部叶与基生叶同形，稍大，叶柄长可达1.5厘米；
叶片长与宽3-4厘米，或为三出分裂；
茎上部叶有短柄或无柄，叶片三出分裂或1-2回羽状分裂，全部叶都有宽阔的膜质叶鞘，长卵形或卵形，长2-3厘米，宽1-1.5厘米，叶缘有粗大的圆钝齿或锯齿。
总苞片1-2，披针形，与伞辐近等长，全缘或顶端2-3裂；
伞辐6-15，长1-3厘米，密被柔毛；
小总苞片1-4，线状披针形，等于或长于小伞形花序，全缘；
小伞形花序有花10-15；
无萼齿；
花瓣阔倒卵形，白色微带紫色，基部楔形，顶端凹陷，有内折小舌片；
花柱基短圆锥形，花柱长于花柱基，直立。
幼果卵形，密被毛，果棱线形。
花期7-8月。