大理马先蒿，多年生草本，高15-20厘米。
主根粗壮，有细侧根。
茎软弱，直立或基部略倾卧而后上升，单一或自基部发出数条，有稜角，无毛或沿沟校有成行的毛。
基生叶早落，茎生叶互生，无毛，柄长4-10毫米；
叶片卵状长圆形，长约2厘米，宽约15毫米，羽状全裂，裂片每边3-5枚，无小柄，彼此疏距，线状长圆形，羽状浅裂，小裂片钝圆，有反卷而具胼胝的锯齿。
苞片叶状有短柄；
花单生叶腋，疏散，有短直的花梗，长达2毫米；
萼小，钟形，长3-4毫米，管部膜质，外面有长柔毛，主脉高凸而无网脉，前方不裂，端斜截形而具齿5枚，有时似有7枚，三角形全缘而极小，几乎不显；
花冠淡玫瑰色，管与萼相等或较长，直立，上部扩大，盔背有细毛，几以直角向前作膝曲，直立部分至顶约长4-5毫米，前缘长不达2毫米，含有雄蕊的部分长约2.5-3毫米，前方较急地渐狭为多少向下弯曲的喙，长达3毫米，端凹头，下唇与盔等长，有长缘毛，中裂较小，向前凸出，卵形而钝头，甚小于斜长圆形的侧裂，端略作兜状；
雄蕊花丝着生于管的中部，两对均被疏毛；
柱头不伸出。
蒴果长于萼2-2.5倍，三稜形，端斜截形。
花期7-8月。