岩居马先蒿，多年生草本，干时多变黑，高7-22厘米，或在生于近5,000米的高山上者仅高4-5厘米。
根茎偶然存在，节上生有卵状鳞片，在地下发出多茎，干时棕褐色而有光泽，但大多不存在而根颈直接连于根上；
根粗壮，不分枝或分枝，长可达20厘米以上，直径最粗者可达10毫米，有环状之痕。
茎多数自根颈直接发出或根颈分成2-3条长仅1-2厘米的主茎，再从其上分枝成茎状长枝，可达14条之多，主茎直立而侧茎或长枝则多弯斜上升，具有纵稜，稜上有成行之密毛。
基出叶常长久宿存，与茎叶均4枚成轮，前者之柄长达20毫米，后者长不达5毫米，均有长柔毛；
叶片卵状长圆形或更常为长圆状披针形，长3-4厘米，其特大者可达7厘米，宽多为5毫米左右，偶有达10毫米者，羽状全裂，裂片6-9对，长达3毫米左右，羽状浅裂，多少卵形，但因裂片单面反卷视如线形，有时作鱼腮状排列。
花序顶生，穗状，长者可达12厘米，有 时紧密作头状而仅长3厘米，一般伸长而花轮疏距，多达8-9轮；
苞片叶状，但上部者卵状披针形而为膜质，仅顶部稍稍有齿，有长缘毛；
萼长9毫米，有短梗，歪卵圆形而前方强开裂，膜质，主脉5条极粗厚而明显，脉上及齿缘有长毛，齿5枚，后方1枚三角形较小，其余三角状卵形有粗齿，其前侧方两枚常在裂口边缘多少延下，长0.5-1毫米；
花冠紫红，长16-20毫米，管约在基部以上5毫米左右以近乎直角的角度向前膝屈，径约1.5毫米，上段长8-9毫米，向喉渐扩大，喉部宽3.5-5毫米，下唇长5-7.5毫米，宽7.5-10毫米，基部亚心脏形，侧裂椭圆形，外缘有浅凹缺，中裂仅侧裂的半大，长2.5-3.8毫米，瓣片宽过于长，有明显狭缩之柄，盔长4.5-6毫米，粗壮，宽2.5毫米左右，略作镰状弓曲，额顶圆形，似有狭仄的鸡冠状凸起一条，颊部在大型的花中有纵摺1条，前缘先端三角形向前微凸；
花丝两对均无毛；
柱头稍稍伸出于盔端。
蒴果大小相去甚远，长15-19毫米，宽4.8-9毫米，为歪斜之披针状卵形，两室不等，下方一室宽于上方一室几一倍，基线在近端处稍稍向下弓曲，上线则半月形弓曲，至近端处突然斜下与基线组成尖头，约半部为膨大膜质的宿萼所包裹；
种子肾脏状狭卵形，长达3毫米，淡褐色，有纵列的整齐网纹。
花期7-8月。
