侏儒马先蒿，一年生矮小草本，高不及3厘米，干时不变黑色。
主根长达2厘米，略略萝卜状变粗，径达2毫米，有少数须状分枝。
根颈之端有1-2对宽卵形鳞片。
茎直立，不分枝，多少四稜形，沟中有成行之毛。
叶基生者长1.5厘米，具细长而膜质的柄，长达5-7毫米；
叶片线状长圆形，下面有时疏生白毛，前方多羽状深裂，近叶柄处则为羽状全裂，裂片通常6-8对，三角状卵形，缘有不规则的缺刻状重齿，齿端常有白色胼胝。
花序密而头状，苞片叶状，花序下方者羽状开裂，中部及以上者掌状3裂，被柔毛；
萼球状卵形，膜质，长4毫米，具10条褐色之脉，脉上密被黄柔毛，前方开裂，齿5枚，后方1枚狭三角形，前侧2枚较宽，后侧2枚狭长；
花紫红色，长9-10毫米，约在基部上2.5毫米处向前作直角膝屈，而上方一段指向前方而由萼的缺口中伸出，转弯处仅宽1毫米，但向喉强烈扩大，至与下唇相连处径达3.5毫米，下唇长约4毫米，宽约6毫米，侧裂斜卵形，脉稀少，宽达3毫米，中裂圆形而有柄，宽仅为侧裂的一半，盔前缘长4毫米，背线因早在离管的上方一段基部不远处（约1毫米略多）即弯而向上，故长达5.5毫米左右，基部三角形而宽，达2毫米以上，中部最细，宽仅1.5毫米，额正圆形，略似有狭仄的鸡冠状凸起，前缘端有三角状的短喙状凸出；
花丝2对均无毛；
花柱不伸出。
花期7月。
