小花马先蒿，多年生草本，高约20厘米，除花序外无毛。
根多数，丝状，微微变粗。
茎单条，不分枝，直立坚挺，生有少数之叶。
叶基出者多数，有长柄，长达15厘米，叶柄纤细，长达7厘米，无毛，叶片膜质，两面无毛，长圆状卵形，锐头，长6-7.5厘米，宽2-2.7厘米，羽状浅裂，裂片每边6-8枚，前方的与后方的小得很多，中间的较大，卵形钝头，基部很扩大，缘有波状浅裂，有牙齿，茎叶1-2枚，互生，疏距，与墓生者相似而较小。
花序顶生，短总状，长不达3厘米，有绒毛，多花，上部稠密，下部疏散；
苞片叶状，有柄，卵形，羽状浅裂，短于花；
花梗长3毫米，直立，有绒毛；
萼圆筒形，长约7毫米，有疏毛，上部有疏网纹，前方稍稍开裂，齿5枚，不等，后方1枚较小，三角形锐头，其余宽卵形，基部微细缩，上部多少具3齿，后方之齿常较小；
花冠玫瑰色，长不及1.2厘米，管伸直，稍长过于萼，上方扩大，盔镰状弓曲，伸长为长喙，喙纤细，线形，长达5毫米，平伸而略弯向下方，下唇约与盔相等，缘有毛，3裂，裂片圆形亚相等，中裂稍向前伸出；
雄蕊着生于花管中部，前方1对花丝端有长毛；
花柱伸出；
蒴果未见。
花期7月。