东川马先蒿，多年生草本，高达60厘米以上，干时变为浓黑色，坚挺，无毛或近于无毛，多分枝；
茎圆筒形，木质化，上部略带方形，有4条成行之毛。
叶基出者早枯，茎生者3-4枚轮生，上部者对生；
叶柄长达5-20毫米；
叶片革质，羽状全裂，裂片3-12对，线形，长达12毫米，宽仅1毫米左右，甚狭于其间隔距离，缘多少反卷而有锯齿。
花在茎枝上部腋生而成多少间断的总状花序；
苞片叶状；
萼圆筒形，膜质，无毛，长5-6毫米，前方深开裂，齿5枚，常因侧生者结合而成3枚，后方1枚较小，三角形，侧方两枚常作浅2裂，裂片亦三角形而全缘，缘有毛；
花冠紫色，长2-3厘米；
管长8-10毫米，在萼管喉部向前弓曲，盔与管等长而取同一指向，额部略有鸡冠状凸起，无毛，圆钝，突然向前下方伸出成1毫米长的短喙，下缘生有细齿1对，下唇无缘毛，略长于盔，中裂兜状而小，缘有细齿；
雄蕊着生于管的基部，花丝两对均无毛。
花期7-9月。