条纹马先蒿，多年生草本，直立，一般高20-35厘米，高升的植株可达60厘米，干时不变黑色，草质。
根多丛生，几不变粗，多少圆锥状而细，长3-7厘米，生有须状细根。
茎单条或自根茎发出多条，中空，圆柱形，有条纹，沟中有成条之毛，久后几光滑，稻草色，不分枝，或下部上部均能分枝，枝细弱，对生或轮生。
叶基生者早枯，有长而膜质之柄，长达15厘米；
叶片圆卵形而小，长宽约仅7毫米，具裂片约3对，茎叶4枚轮生，中部者具长达6毫米的柄，上部者几无柄，叶片形状大小多变，心脏状卵圆形、椭圆状长圆形至线状长圆形，面有疏短腺毛，背面脉上有白色疏长毛，长0.7-6厘米，宽6-25毫米，生于茎的中部者最大，缘羽状浅裂至半裂，裂片卵形至长圆状卵形，每边5-8枚，有具短刺尖的重锯齿，有时齿端有胼胝而反卷，长自约1毫米起，达10毫米，宽亦可达7毫米。
花序之轮多疏距，常全部有间断，但有时在较低矮的植株中上部者集成短穗状而密，长可达18厘米；
苞片叶状，在稀疏的花序中常有长柄而作团扇状；
花的大小多变；
萼膜质，因花梗之端弯曲而使其口转指前方，长4-5.5毫米，卵圆形，前方不裂，脉5主5次共10条，明显但不很粗，沿脉有长柔毛，几无网脉或在萼齿附近有极疏的网结，齿5枚，后方1枚三角形而尖锐，其余4枚较大，作不同程度的卵形膨大，草质而暗绿色，在较大的花中宽达1毫米，多少有细齿而反卷，在小形的花中仅形成一小黑点；
花冠紫红色，长15-18毫米，管纤细，约在距基部4毫米处而在萼口以30°角向前上方膝屈，然因萼口转向前方而花几成平展，甚或向下，上方一段长约4.5-5.5毫米，向喉部扩大，其程度亦不同，一般喉部宽约3毫米，但也有狭至2毫米和宽达5毫米者，下唇多丰满，长6-8毫米，宽8-10毫米，无缘毛，中裂仅稍小侧于裂，倒卵形，盔长3-4毫米，前缘基部稍扩大，宽2-2.5毫米，上部较狭，宽仅1.2-1.5毫米，顶多少圆凸，前额斜下，前缘之端稍稍凸出。
雄蕊花丝着生于管的中下部，两对均无毛，药对接近而并生；
柱头伸出。
蒴果平展或稍稍偏向上方，三角状披针形而狭，长约10-13毫米，下线伸直或中部稍稍向上弓曲，上线徐徐斜下至近端处突然急斜成一斜截头，端有小刺尖；
种子椭圆形，长1毫米，宽0.7毫米，暗棕色，有极微的颗粒状凸起而无明显的花纹。
