高山马先蒿，多年生草本，茎成束，5-10条自基部发出，全体有毛，高25-27厘米，径达3毫米，暗棕色，下部之节简长约达4.5厘米，上部者较短。
叶对生，椭圆形至心脏形，长2.5厘米，宽1.5-2厘米，羽状深裂，端钝头至锐头；
小叶（羽片）斜形，缘有齿，中肋明显；
叶柄长3-5毫米。
穗状花序顶生，密生4-5花；
苞片扇形，长1.1厘米，宽4毫米，端3裂；
花梗长2毫米；
萼亚囊状，2裂，裂片长8毫米，宽5毫米，舟形，脉上略有细毛，下方裂片端有3齿。
花冠紫色，圆筒形，二唇状，长3.1厘米，宽1.2厘米，上唇盔状，下唇圆形，端3裂，侧裂大而圆，中裂小，径仅3毫米。
雄蕊5枚，少有4枚，非2强，着生于上唇，长约2.5厘米；
花丝线状，着生于上唇，有密毛，药丁字着生；
花柱1枚，在上唇内向下弓弯。
花期8月。