巴塘马先蒿，多年生草本，高10-20厘米，干时略变黑色。
根多而成丛，或有时少数，分枝而多少变粗。
茎丛生，有时极多而密，纤细但多少木质化，有时也有极长而蔓生的，仅端部上升，多对生的分枝，长可达30厘米，生有两条成行的毛。
叶对生，稀有亚对生，近于革质，有长达5毫米的柄，有毛；
叶片长圆形至卵状长圆形，长2-3厘米，宽1-2厘米，两面均被短柔毛，羽状全裂，裂片线形至线状披针形，常为互生而不相对，疏远，每边约4-6枚，长者达1厘米，一般较小，缘有粗齿，或小裂，齿常有胼胝。
花全部腋生，有时多数同时开放而甚繁；
花梗约与萼等长，约10毫米，被短毛；
萼近于革质，管倒圆锥形，前方浅裂，主脉5条明显，凸起，其间密布美丽的网脉，齿5枚，长与管等，后方一枚较短小，披针形，近于全缘，其它4枚基部三角形全缘，向上渐细成为线形如柄，至中部以上再突然膨大为叶状而卵形，羽状深裂，裂片3-5枚，有锯齿；
花冠浅红至玫瑰色，长17-30毫米，伸直，外面被密毛；
盔的背线自直立部分基部至顶部高约7毫米，以直角转折向前成为短而圆的含有雄蕊部分，长仅3毫米，在转角处内缘常有指向前方的小齿一对，额部高凸，另有微微高起的鸡冠状凸起，前端突然细缩成伸直而尖端微微翘起的喙部，长达5.5毫米，下唇约与盔等长，阔大，宽约15-18毫米，以锐角张开，浅3裂，中裂较小，边有缘毛；
花丝着生靠近管喉，两对均无毛。
蒴果卵圆形，稍偏斜，有凸尖；
种子斜卵形，稍扁平，有整齐的纵列网眼，褐色，长达2毫米，有显著的黑色种阜。
