糙枝金丝桃，多年生草本或半灌木，高20-40厘米；
根茎木质，有片状剥落的皮层，红褐色。
茎直立或上升，多数，多分枝，分枝通常短小，茎及分枝上部具2-4纵线棱，黄褐色至红褐色，无毛，全面散布有疣庆状突起。
叶无柄或近无柄，茎上的叶卵状长圆形或长圆形，长1.3-1.7厘米，宽0.3-0.5厘米，分枝上的叶变小，先端钝形且具小尖突，基部宽楔形至近圆形，全缘，坚纸质，上面绿色，下面淡绿色，边缘无黑腺点，全面散布淡色腺点。
花序为顶生聚伞状伞房花序，极多花密集，直径达6厘米；
苞片及小苞片狭卵形至长圆形，长2-5毫米，先端钝形，基部宽楔形。
花直径约5毫米；
花梗长2-4毫米。
萼片5，卵状长圆形，长约2毫米，宽1毫米，先端钝形，边缘膜质且具小齿但无黑腺点，全面有2条淡色腺条。
花瓣5，黄色，倒卵状长圆形，长约6毫米，先端钝形，基部多少渐狭且具短柄，全面有透明腺点，花后宿存。
子房卵珠形，长3.5毫米，宽1.5毫米，3室；
花柱3，长约2.5毫米，直伸，自基部分离。
蒴果卵珠形，长约5毫米，宽3.5毫米，红褐色，具纵腺条纹。
种子淡褐色，圆柱形，长约2毫米，两侧无龙骨状突起，表面有纵长乳突。
花期7月，果期8-9月。
