日本活血丹，多年生草本，高约20厘米，具匍匐茎，逐节生根。
茎丛生，初直立，后平卧，上升，四棱形，基部通常带紫色，被短柔毛。
叶草质，肾形，茎基部的较大，具长柄，柄长3-4.5厘米，为叶片长的4-5倍，被硬毛，茎上部的较大，长1.5-2厘米，宽2-3厘米，先端圆形，基部阔心形，边缘具圆齿，上面被粗伏毛，下面仅脉上被疏柔毛，叶脉隆起，叶柄长2-3.5厘米，被长柔毛。
轮伞花序2花，稀4花；
苞片及小苞片线状钻形，长约2毫米，具纤毛。
花萼管状，上部微微膨大，长0.7-1厘米，外被柔毛，内面无毛，齿5，呈二唇形，上唇3齿较长，下唇2齿较短，均卵形，长1.5-2毫米，顶端具细尖，针状，边缘具缘毛。
花冠淡紫色，直伸，漏斗状，长1.5-2厘米，外而露出部分被柔毛及微柔毛，内面仅下唇喉部被疏柔毛，冠檐二唇形，上唇直立，顶端深凹，裂片近圆形，下唇直伸，3裂，中裂片长而宽，扇形，顶端微凹，两侧裂片卵形，与上唇等长。
雄蕊4，无毛，内藏，后对着生于上唇下方花冠喉部，略高，前对着生于下唇侧裂片下方花冠筒中部，较低，花药2室，略叉开。
子房4裂，无毛。
花盘杯状，微斜。
花柱无毛，先端2裂。
小坚果深褐色，长圆状卵形，顶端浑圆，基部微三棱形，果脐不甚明显。
花期4-5月，果期6月。
