纤茎秦艽，多年生草本，高10-15厘米，基部被枯存的纤维状叶鞘包裹。
须根少，粘结成一个细瘦圆柱形的根。
枝少数丛生，细瘦，斜升，常带紫红色，近圆形，密被乳突。
莲座丛叶狭椭圆形或线状椭圆形，长5-8厘米，宽0.6-1.5厘米，先端钝，基部渐狭，边缘密生乳突，叶脉1-3条，细，在两面均明显，并在下面突起，叶柄细，扁平，长1-2厘米，包被于枯存的纤维状叶鞘中；
茎生叶矩圆形或卵形，长1-7厘米，宽0.3-0.7厘米，中部叶较大，两端叶较小，先端钝或钝圆，基部钝，边缘密生乳突，叶脉1-3条，细而明显，中脉在下面突起，叶柄细，长至0.8厘米。
聚伞花序顶生及腋生，排列成疏散的花序，稀单花顶生；
总花梗紫红色，密生乳突，长至2厘米，无小花梗；
花萼筒膜质，黄绿色，倒锥状筒形，长8-9毫米，不开裂，裂片5个，稍不整齐，绿色，倒披针形，长7.5-9.5毫米，先端钝，基部狭缩，边缘密生乳突，中脉背面明显，弯缺狭，截形；
花冠上部淡蓝色，下部黄白色，筒形或狭漏斗形，长3-3.7厘米，裂片卵状三角形，长8-9毫米，先端急尖，全缘，褶整齐，卵形，长2.5-3毫米，先端钝，边缘有不整齐锯齿，雄蕊着生于冠筒下部，整齐，花丝线状钻形，长9-11毫米，花药狭矩圆形，长2-3.5毫米；
子房线形，长13-15毫米，两端渐狭，柄粗短，长仅2-3毫米，花柱线形，连柱头长4-5毫米，柱头2裂，裂片矩圆形。
蒴果内藏，椭圆状披针形。
长15-18毫米，先端急尖，基部渐狭，柄长4-5毫米；
种子褐色，有光泽，狭矩圆形，长1.8-2毫米，表面具细密的细网纹。
花果期7-8月。
