管花秦艽，多年生草本，高10-25厘米，全株光滑无毛，基部被枯存的纤维状叶鞘包裹。
须根数条，向左扭结成一个较粗的圆柱形的根。
枝少数丛生，直立，下部黄绿色，上部紫红色，近圆形。
莲座丛叶线形，稀宽线形，长4-14厘米，宽0.7-2.5厘米，先端渐尖，基部渐狭，边缘粗糙，叶脉3-5条，在两面均明显，并在下面突起，叶柄长3-6厘米，包被于枯存的纤维状叶鞘中；
茎生叶与莲座丛叶相似而略小，长3-8厘米，宽0.3-0.9厘米，无叶柄至叶柄长达2厘米。
花多数，无花梗，簇生枝顶及上部叶腋中呈头状；
花萼小，长为花冠的1/4-1/5，萼筒常带紫红色，长4-6毫米，一侧开裂或不裂，先端截形，萼齿不整齐，丝状或钻形，长1-3.5毫米；
花冠深蓝色，筒状钟形，长2.3-2.6厘米，裂片矩圆形，长3.5-4毫米，先端钝圆，全缘，褶整齐或偏斜，狭三角形，长2.5-3毫米，先端急尖，全缘或2裂；
雄蕊着生于冠筒下部，整齐，花丝线状钻形，长11-14毫米，花药矩圆形，长1.5-2.5毫米；
子房线形，长12-14毫米，两端渐狭，柄长5-6毫米，花柱短，连柱头长2-3毫米，柱头2裂，裂片矩圆形。
蒴果椭圆状披针形，长14-17毫米，柄长6-7毫米；
种子褐色，矩圆形或狭矩圆形，长1.1-1.5毫米，表面具细网纹。
花果期7-9月。
