菔根龙胆，多年生草本，高3-5厘米，具长至2.5厘米的匍匐茎。
根略肉质，肥大，纺锤形，根皮易剥落。
茎稀疏丛生，短缩，紫红色，稀黄绿色，密被乳突，不分枝或下部有少数分枝。
基生叶发达，稀缺无，在花期不枯萎，椭圆形，线状椭圆形或匙形，长10-60毫米，宽3-5毫米，先端钝，边缘软骨质，密生短睫毛，上面密被极细乳突，下面光滑，叶脉在两面均不明显或中脉细，在下面明显，叶柄边缘密生短睫毛，长5-8毫米；
茎生叶小，疏离，短于节间，椭圆形或披针形，长4-8毫米，宽1-2毫米，先端急尖，边缘软骨质，密生短睫毛，上面密被极细乳突，下面光滑，叶脉在两面均不明显，叶柄边缘密生短睫毛，背面具乳突，连合成长1-1.5毫米的筒。
单花或数朵，单生于小枝顶端；
花梗紫红色，稀黄绿色，密被乳突，长4-6毫米，藏于最上部一对叶中或裸露；
花萼漏斗形，长5.5-6.5毫米，裂片披针形，长2.5-4毫米，先端急尖，具小尖头，边缘膜质，狭窄，密生短睫毛，中脉在背面突起，密生短睫毛，弯缺截形；
花冠内面蓝色，外面黄绿色，漏斗形，长12-14毫米，裂片卵形，长2-2.5毫米，先端钝，褶卵圆形，长1-1.2毫米，先端圆形，全缘或边缘稍呈啮蚀形；
雄蕊着生于冠筒中部，整齐，花丝丝状，长3-3.5毫米，花药线形，长2-2.5毫米；
子房椭圆形，长3.5-4毫米，两端渐狭，柄长2-2.5毫米，花柱线形，连柱头长1.5-2毫米，柱头2裂，裂片线形。
蒴果外露，稀内藏，矩圆状匙形，长4.5-5.5毫米，先端钝圆，边缘有宽翅，基部渐狭，柄长至18毫米；
种子褐色，椭圆形，长0.7-0.8毫米，表面具细网纹。
花果期5-6月。