小齿龙胆，多年生草本，高25-35厘米，基部被黑褐色枯老膜质叶鞘包围。
枝2-4个丛生，其中有1-3个营养枝和1个花枝；
花枝直立，常带紫红色，中空，近圆形，密被乳突。
叶大部分基生，卵状椭圆形或狭椭圆形，长2.5-3.5厘米，宽0.8-1.8厘米，两端钝，叶脉1-3条，在下面稍突起，叶柄膜质，长2-2.5厘米；
茎生叶倒卵状矩圆形，椭圆形或线状椭圆形，长2-4厘米，宽0.4-1.5厘米，先端钝至渐尖，基部渐狭，叶脉1-3条，在下面稍突起，叶柄长0.5-1.5厘米，愈向茎上部叶愈小，柄愈短。
花多数，顶生和腋生，组成圆锥状聚伞花序；
总花梗长至4.5厘米；
小花梗常带紫色，极不等长，长0.5-2.5厘米，密被乳突；
花萼常带紫红色，狭倒锥形至筒形，长7-10毫米，萼筒草质，一侧开裂成佛焰苞状，萼齿小，直立，不整齐，狭三角形或钻形，长0.5-1.5毫米，弯缺圆形；
花冠深蓝色，无条纹和斑点，筒状漏斗形，长2.2-2.5（3.2）厘米，裂片卵形，长3-4毫米，先端钝，全缘，褶偏斜，截形或三角形，长1.5-2毫米，先端钝，边缘有不整齐细齿；
雄蕊着生于冠筒中部，花丝丝状钻形，长7-11毫米，花药矩圆形，长2-2.5毫米；
子房线状椭圆形，长8-10毫米，两端渐狭，柄粗，长5-8毫米，花柱粗而短，长2-2.5毫米，柱头2裂，裂片半圆形。
蒴果内藏，椭圆状披针形，长10-12毫米，两端钝，柄长8-10毫米；
种于黄褐色，有光泽，矩圆形或近圆形，长1-1.2毫米，表面具海绵状网隙。
花果期7-11月。
