阿里山龙胆，多年生草本，高4-10厘米，具黑色的短根茎。
茎丛生，坚硬，直立，黄绿色，光滑，不分枝或在下部有分枝。
叶革质，有光泽，密集，覆瓦状排列，有时下部叶枯萎，凋落，卵形至卵状椭圆形，长5-8毫米，宽2.5-3.5毫米，先端外弯，钝，边缘软骨质，平滑或中部以下有短睫毛，两面光滑，中脉软骨质，在下面突起，叶柄边缘有短睫毛，背面具乳突，连合成长1-1.5毫米的筒。
花单生或数朵，单生于小枝顶端；
近无花梗或具长不及3毫米的花梗，藏于最上部一对叶中；
花萼漏斗形，长7-9毫米，裂片革质，卵状披针形或三角形，长2-3毫米，先端急尖，边缘无软骨质也无膜质，平滑，中脉软骨质，在背面呈脊状突起，弯缺截形；
花冠紫红色，漏斗形，长17-20厘米，裂片卵形，长3-5毫米，先端钝，褶三角形，长1.5-2毫米，全缘；
雄蕊着生于冠筒中部，整齐，花丝丝状，长约4.5毫米，花药矩圆形，长2-2.2毫米；
子房线状椭圆形，长4-5毫米，两端渐狭，柄长4-5毫米，花柱线形，连柱头长约3毫米，柱头2裂，裂片矩圆形。
蒴果外露，倒卵形，长5-6毫米，先端圆形，有宽翅，两侧边缘有狭翅，基部钝，柄长至20毫米；
种子褐色，矩圆形，长1-1.2毫米，表面具细网纹。
花果期8-10月。
