短茎淫羊藿，多年生矮小草本，植株高约23厘米。
根状茎细短，节间紧密。
一回三出复叶基生和茎生，小叶3枚；
小叶革质，卵形或狭卵形，长6-10厘米，宽3.5-5厘米，先端渐尖，基部深心形，顶生小叶基部裂片圆形，几等大，侧生小叶基部裂片明显偏斜，内裂片较外裂片小，近圆形，外裂片急尖，上面深绿色，无毛，背面仅脉上和叶柄着生处被疏毛，叶缘具细密刺齿；
花茎具1叶。
总状花序具6-12朵花，长约14厘米；
花梗长约2厘米，被稀疏腺毛；
花大，直径约4厘米；
萼片2轮，外萼片倒卵形，长3.5-4毫米，先端钝，内萼片披针形，长20-22毫米，宽约6毫米，淡红色；
花瓣稍长于内萼片，长距状，长22-26毫米，明显弯曲，白色，基部带红色，几无瓣片；
雄蕊长 约4毫米，不外露，花丝纤细，带白色，花药黄色，瓣裂；
雌蕊长约6毫米，花柱长约2.5毫米，柱头啮蚀状。
花期4-5月。
