紫距淫羊藿，多年生矮小草本，植株高约15厘米。
匍匐地下根状茎细长，直径约2-3毫米，多须根。
一回三出复叶基生和茎生，具3枚小叶；
小叶革质，狭卵形，长4-5厘米，宽2-3厘米，先端渐尖，基部心形，顶生小叶基部裂片圆形，近等大，侧生小叶基部裂片偏斜，内裂片较小，圆形，外裂片较大，急尖，上面深绿色，无毛，背面苍白色，疏生平卧细毛，叶缘具细密刺齿；
花茎具2枚对生叶或具1叶。
总状花序具6-15朵花，长约6厘米或更长；
花梗长约3厘米，无毛；
花大，直径约3厘米；
萼片2轮，外萼片近圆形，上部边缘波状，长2.5-3.5毫米，淡绿色，早落，内萼片卵形，先端急尖，长约13毫米，宽约9毫米，白色；
花瓣稍长于内萼片，呈钻状距，伸长，稍弯曲，淡紫色，长约15-16毫米，基部瓣片紫色，高约5毫米；
雄蕊长约4毫米，不外露，花丝长约0.5毫米；
雌蕊长约4.2毫米，花柱长约3毫米。
果未见。
花期4月。
