细子麻黄，草本状小灌木，高5-15厘米，地上部分木质茎不明显，仅基部有数枝长约1-2厘米、呈节结状的木质枝；
主枝常不明显，明显时径约1.5毫米；
小枝假轮生，通常向上直伸, 较细短，节间通常长1-2厘米，稀达3厘米，径约1毫米。
叶2片对生，膜质鞘状，下部约1/2合生，裂片宽三角形，黄白色，基部常带褐红色。
雄球花生于小枝上部，常单生侧枝顶端，椭圆形，长3-5毫米，径2-4毫米，苞片4-6对，稀达8对，基部苞片近卵圆形，上部者较窄，中肋绿色稍厚成条带状，两侧膜质部分较宽，苞片约1/2合生，假花被较苞片为长，倒卵状楔形，雄蕊6-7,伸出苞片之外甚多，花丝合生，先端分离，使中央的花药有明显的短梗，但外侧部分花丝分离不多，花药近于无梗；
雌球花在节上对生，或数个成丛生于枝顶，苞片通常3对，下面2对约1/2以下合生，最上一对大部合生，仅先端微裂，雌花2，胚珠的珠被管短直，通常长不及1毫米，稀稍长而微曲。
雌球花成熟时肉质红色，卵圆形或宽卵圆形，长约5毫米，径3-4毫米，上部苞片约4/5合生；
种子通常2粒，稀1粒，藏于苞片内，窄卵圆形，长2-4毫米，径1.5-2毫米，有光泽，背部中央具棱状突起。
