矮麻黄，矮小灌木，高5-22厘米；
木质茎极短，不显著；
小枝直立向上或稍外展，深绿色，纵槽纹明显较粗，节间长1.5-3厘米，径1.2-1.5毫米。
叶2裂，长2-2.5毫米，下部1/2以上合生，上部裂片三角形，先端锐尖，通常向外折曲。
雌雄同株，雄球花常生于枝条较上部分，单生或对生于节上，无梗，苞片3-4对，基部约1/4合生，雄花具6-8枚雄蕊，花丝完全合生，假花被倒卵圆形；
雌球花多生于枝条近基部，单生或对生于节上，有短梗或几无梗，矩圆状椭圆．形，苞片通常3对，最下一对细小，第二对稍大，最上一对通常较中间一对大一倍以上，雌花2，珠被管长0.5-1毫米，直立，顶端裂隙占全长的1/2-2/3 ,边缘有不整齐的细缺裂。
雌球花成熟时肉质红色，被白粉，矩圆形或矩圆状卵圆形，长8-12毫米，径6-7毫米，有梗，稀近于无梗，最上一对苞片仅1/6分裂；
种子1-2粒，包于苞片内，矩圆形，上部微渐窄，长6-10毫米，黑紫色，微被白粉，背面微具细纵纹。
