矮麻黄,矮小灌木,高5-22厘米;
木质茎极短,不显著;
小枝直立向上或稍外展,深绿色,纵槽纹明显较粗,节间长1.5-3厘米,径1.2-1.5毫米。
叶2裂,长2-2.5毫米,下部1/2以上合生,上部裂片三角形,先端锐尖,通常向外折曲。
雌雄同株,雄球花常生于枝条较上部分,单生或对生于节上,无梗,苞片3-4对,基部约1/4合生,雄花具6-8枚雄蕊,花丝完全合生,假花被倒卵圆形;
雌球花多生于枝条近基部,单生或对生于节上,有短梗或几无梗,矩圆状椭圆.形,苞片通常3对,最下一对细小,第二对稍大,最上一对通常较中间一对大一倍以上,雌花2,珠被管长0.5-1毫米,直立,顶端裂隙占全长的1/2-2/3 ,边缘有不整齐的细缺裂。
雌球花成熟时肉质红色,被白粉,矩圆形或矩圆状卵圆形,长8-12毫米,径6-7毫米,有梗,稀近于无梗,最上一对苞片仅1/6分裂;
种子1-2粒,包于苞片内,矩圆形,上部微渐窄,长6-10毫米,黑紫色,微被白粉,背面微具细纵纹。