穆坪紫堇，无毛草本，高40-50厘米。
须根多数，细长，具纤细状分枝；
根茎匍匐，盖以宿存增厚的叶柄基，叶基卵状披针形，长达2厘米，干时黑褐色。
茎3-4，通常不分枝或稀分枝，下部裸露。
基生叶数枚，叶柄长4-12厘米，具叶鞘，叶片轮廓三角形、卵形至近圆形，长3.5-8厘米，三回三出分裂，第一回全裂片具柄，中裂片的柄远长于侧裂片的柄，第二回全裂片顶生者具柄，侧生者具极短柄至无柄，3-9深裂或浅裂，末回裂片倒披针形，先端圆，表面绿色，干时变黑色，背面具白粉，纵脉在背面明显；
茎生叶3-4枚，疏离互生于茎上部，最下部叶具较长的柄，上部叶具短柄至无柄，叶片轮廓近圆形或宽卵形，最下部叶长和宽5-6厘米，向上渐小，二至三回三出全裂，其他与基生叶相同。
总状花序生于茎和分枝顶端，长6-13厘米，多花（15朵以上），下部疏离，上部密集；
苞片最下部者3全裂，再次3浅裂，下部者3浅裂，中部以上者长圆形全缘；
花梗纤细，劲直，下部者短于或等长于苞片，上部者等长于或长于苞片。
萼片鳞片状，卵形或近圆形，直径约1毫米，边缘为不规则的齿缺；
花瓣天蓝色或蓝紫色，上花瓣长2-2.5厘米，花瓣片舟状狭卵形，先端渐尖，背部无鸡冠状突起，距圆筒形，略渐狭，末端圆，与花瓣片近等长，下花瓣匙形，长1.1-1.3厘米，爪略长于花瓣片，内花瓣提琴形，长0.9-1.1厘米．花瓣片长圆状卵形，具1侧生囊，爪条形，略长于花瓣片；
雄蕊束长0.9-1.1厘米，花药极小，花丝条形，蜜腺体贯穿距的1/2;子房线形，长0.6-0.7厘米，胚珠多数，1行排列，花柱短于子房，柱头双卵形，具8个乳突。
蒴果线形，长1.5-2.2厘米，粗1-1.5毫米，有多数种子，排成1列。
种子近圆形，直径约1毫米，黑色，具光泽。
花果期5-8月。
