斑花黄堇，丛生草本，高5-30厘米。
根茎短，簇生棒状肉质须根，上部具叶和1-4茎。
茎发自基生叶腋，基部稍弯曲，裸露，其上具叶，不分枝。
基生叶多数，约长达花序基部；
叶柄约与叶片等长，基部鞘状宽展；
叶片长圆形，二回羽状全裂；
一回羽片2-8对，对生或近对生；
二回羽片常仅3枚，三深裂，裂片椭圆形或卵圆形，约长3-4毫米，宽2毫米，较密集，常呈覆瓦状叠压。
茎生叶多数，与基生叶同形，较小。
总状花序头状，长2-4厘米，宽2-2.5厘米，多花、密集；
花近俯垂。
苞片菱形或匙形，下部的长6-8（-10）毫米，宽度常大于长度，边缘紫色，全缘或顶端具啮蚀状齿。
花梗粗短，长约5毫米。
萼片菱形，棕褐色，具流苏状齿。
花淡黄色或黄色，具棕色斑点。
上花瓣长1.5-2厘米，具浅鸡冠状突起；
距圆筒形，钩状弯曲；
蜜腺体约贯穿距长的1/2。
下花瓣与上花瓣相似，爪较长。
内花瓣具高而伸出顶端的鸡冠状突起；
爪细长．约长于瓣片2倍。
雄蕊束披针形。
柱头近扁四方形，顶端2浅裂，具8乳突。
蒴果长圆形至倒卵圆形，约长1厘米，宽4毫米。
