阿山黄堇，多年生丛生草本，高50-80厘米。
主根粗大，老时变空，纵裂，顶端具鳞片。
茎发自鳞片和基生叶腋，下部裸露，上部或中部以上具叶，不分枝或少分枝，具棱。
基生叶约与茎等长，具长柄；
叶片近卵圆形，约长15-20厘米，宽10-15厘米，二回羽状全裂；
一回羽片具柄；
二回羽片具短柄至无柄，卵圆形或楔形，基部下延，约长3.5厘米，宽3厘米，三深裂；
裂片再分成大小不等的小裂片；
末回裂片长圆形。
茎生叶与基生叶同形，具短柄。
总状花序短，多花、密集。
下部苞片叶状，楔形，约长3厘米，宽2厘米，分裂，上部的披针形，全缘。
花梗长约6-17毫米。
萼片卵圆形，具尾状短尖，近具齿。
花黄色，顶端多少带橙黄色，内花瓣顶端暗紫色。
上花瓣长2-2.2厘米，具浅鸡冠状突起；
距圆筒形，较粗，约与瓣片等长，末端圆钝，稍下弯；
蜜腺体约贯穿距长的2/3。
下花瓣长约8毫米，舟状，渐尖。
内花瓣长约，毫米，爪约与瓣片等长。
雄蕊束披针形，具3纵脉。
子房长圆形或狭椭圆形，约与花柱等长；
柱头近圆形，具8乳突。
蒴果卵圆形或椭圆形，长1-1.2厘米，宽约5毫米，具2列种子。
种子黑亮，直径约2毫米；
种阜狭，长约1毫米。
