堇色碎米荠，多年生草本，高25-70厘米。
根状茎粗壮，着生多数纤维状须根。
茎不分枝，直立，较粗壮，表面有多数细棱，无毛。
基生叶不分裂，有长叶柄，叶片肾状圆形或近心状宽卵形，长3.5-6厘米，宽4-6.5厘米，全缘或带微波状；
茎生叶不分裂，无叶柄，叶片披针形或卵状披针形，长5-13厘米，宽1.2-3.5厘米，顶端渐尖，边缘全缘，具小斑点状的细齿，基部稍狭、渐狭或骤狭而呈钝圆或箭形的耳状抱茎；
叶片上面有贴伏短柔毛，下面较稀少。
总状花序顶生，有花10-25朵，花梗长约1.5厘米，直立开展；
外轮萼片长椭圆形，内轮萼片卵形，顶端略尖，基部囊状，长6-7毫米；
花瓣紫色，倒卵状楔形，长10-14毫米；
花丝略宽，花药长椭圆形；
雌蕊柱状，略比花柱扩大。
长角果线形而扁，长40-45毫米，宽约2毫米，无毛，花柱短，柱头扁压状，中央微凹。
种子椭圆形，长约2毫米。
表面有纵皱细纹。