水田碎米荠，多年生草本，高30-70厘米，无毛。
根状茎较短，丛生多数须根。
茎直立，不分枝，表面有沟棱，通常从近根状茎处的叶腋或茎下部叶腋生出细长柔软的匍匐茎。
生于匍匐茎上的叶为单叶，心形或圆肾形，长1-3厘米，宽7-23毫米，顶端圆或微凹，基部心形，边缘具波状圆齿或近于全缘，有叶柄，柄长3-12毫米，有时有小叶1-2对；
茎生叶无柄，羽状复叶，小叶2-9对，顶生小叶大，圆形或卵形，长12-25毫米，宽7-23毫米，顶端圆或微凹，基部心形、截形或宽楔形，边缘有波状圆齿或近于全缘，侧生小叶比顶生小叶小，卵形、近圆形或菱状卵形，长5-13毫米，宽4-10毫米，边缘具有少数粗大钝齿或近于全裂，基部两侧不对称，楔形而无柄或有极短的柄，着生于最下的1对小叶全缘，向下弯曲成耳状抱茎。
总状花序顶生，花梗长5-20毫米；
萼片长卵形，长约4.5毫米，边缘膜质，内轮萼片基部呈囊状；
花瓣白色，倒卵形，长约8毫米，顶端截平或微凹，基部楔形渐狭；
雌蕊圆柱形，花柱长约为子房之半，柱头球形，比花柱宽。
长角果线形，长2-3厘米，宽约2毫米；
果瓣平，自基部有1条不明显的中脉；
果梗水平开展，长12-22毫米。
种子椭圆形，长约1.6毫米，宽约1毫米，边缘有显著的膜质宽翅。
花期4-6月，果期5-7月。
