高山筋骨草,多年生草本,矮小,具短匍匐茎,柔弱,长约10厘米,被疏柔毛或长柔毛,在嫩枝上尤密,具花的枝条直立,高约6厘米。
叶柄长1-2厘米,被长柔毛,有时具狭翅;
叶片坚纸质,略厚,椭圆形或卵状椭圆形,长2-3.4厘米,宽1.2-2.3厘米,先端钝或几圆形,基部楔形或下延,边缘具不整齐的粗圆齿,上面深绿色或带紫红色,中脉下陷,下面紫绿色或紫红色,中脉隆起,两而被疏柔毛或密被长柔毛。
轮伞花序具2花, 2-3个着生于枝条顶端或特别小的花枝上;
花梗长2-4毫米,被长柔毛。
花萼钟形,长约7毫米,具10脉,萼齿5,卵状三角形,长为花萼之半,近整齐,边缘有缘毛。
花冠淡紫色,有紫色斑点或条纹,筒状,长约为花萼之2倍或过之,外面被疏短柔毛,内面近基部有毛环,冠檐二唇形,上唇短,直立,顶端微缺,下唇大,3裂,中裂片长5-7毫米,扇形,顶端微缺,侧裂片线状长圆形。
雄蕊4,二强,着生于冠筒近喉部,伸出,花丝挺直,多少被微柔毛。
花柱细长,伸出花冠,无毛,先端2浅裂,裂片细尖。
花盘环状,裂片不明显,前面呈指状膨大。
子房4裂,无毛。
小坚果倒卵状三棱形,无毛,背面具网状皱纹,腹面具1大果脐。
花期5-8月,果期7-9月。