瑞丽黄芩，亚灌木；
根茎木质。
茎直立，高30-60厘米，具多数长分枝，圆柱形，基部木质，径约2毫米，密被伸展白色稍柔软的长硬毛，分枝长15-24厘米，圆柱形或不明显四棱形，能育。
叶具短柄，柄长1.5-4毫米，腹凹背凸，密被长硬毛；
叶片坚纸质，在茎枝中部以下者卵圆形，长1.5-3.8厘米，宽0.8-2.5厘米，在茎枝上部者变小，卵圆形或圆状卵圆形，长0.4-1厘米，宽0.3-0.7厘米，均先端急尖或微钝，基部宽楔形至圆形，边缘具钝的浅圆齿或茎枝上部者全缘，上面微皱，两面被淡黄色小硬毛但在下面较密，在茎枝上部的叶在两面常杂有黄色腺体，侧脉3-4对，与中脉在上面凹陷下面凸出，细脉在下面明显。
花单生于苞状叶腋内，聚生于茎枝上部，形成长7-27厘米的总状花序；
花梗长达5毫米，在下部1/3处有成对长不及0.5毫米的针状小苞片，与序轴均密被伸展白色具腺稍柔软的长硬毛。
花萼开花时长2-3毫米，外面密被具腺长硬毛，盾片伸长，长约3毫米，果时花萼长4毫米，盾片十分增大，近圆形，长宽约5毫米，外卷，脉纹明显。
花冠紫色，长1.5-1.7厘米，外面被具腺小疏柔毛，内面无毛；
冠筒长约为花冠长之半，近直伸，基部宽1.25毫米，微囊大，向上渐增大，至喉部宽约3毫米；
冠檐2唇形，上唇直伸，盔状，在花未开放时包被下唇，长圆形，长4.5毫米，先端微凹，下唇中裂片直伸，两侧边缘外卷，近圆形，径约6.5毫米，先端微凹，2侧裂片微小，内侧与上唇片合生，长2.5毫米，宽约1毫米，外卷。
雄蕊4，前对较长，微露出，具半药，退化的半药不明显，后对较短，内藏，具全药，药室裂口具白色髯毛；
花丝扁平，近于无毛。
花柱细长，先端锐尖，微裂。
花盘扁圆形，前方隆起，后方延伸成很短的子房柄。
子房4裂，近等大。
小坚果黑色，椭圆球形，长1.25毫米，宽0.75毫米，被白色伏贴微柔毛，腹面近基部具白色果脐。
花期5-12月，花后见果。