小叶石梓，灌木或亚灌木，高0.3-3米；
小枝圆柱形，纤细，有条纹，并有稀疏小皮孔，初被微柔毛，后脱落。
叶对生，广卵形或卵状菱形，长1.5-2.5-（5）厘米，宽1.2-2.2-（3.5）厘米，顶端渐尖，并具小尖头，基部楔形或宽楔形，略偏斜，全缘或在中部以下有1-2粗齿，表面无毛，背面密被灰白色腺点，侧脉3-4对，叶柄长0.3-0.8厘米，有沟纵。
聚伞花序1-3-（7）朵组成侧生或顶生的圆锥花序式，花序顶端的叶常变为苞片状；
花大深紫色，长3-4厘米；
花柄短，近顶端有1对披针形小苞片，均被微柔毛；
花萼钟状，长0.6-0.8厘米，具灰白色腺点和少数黑色盘状腺点，有5齿，裂齿卵状三角形，顶端钝圆，花冠二唇形，上唇短，全缘或2浅裂，下唇3裂，中裂片长而大，呈盔状，两面均疏生腺点，在花蕾期腺点黄色且有脱落性微腺毛，花冠管漏斗状；
雄蕊4，二强，长雄蕊稍外露，花药叉开，花丝疏生腺点；
花柱短于长雄蕊，稍长于短雄蕊，无毛，顶端不等2裂；
子房无毛，疏生腺点。
核果倒卵圆形，长1-1.5厘米，中果皮肉质，干后黑色，绉缩，着生于增大的碗状宿萼上，宿萼1/4包被果实。
花期5-7月，果期7-9月。
