云南梅花草，矮小丛生草本，高4-8厘米。
根状茎短小，稍粗，其上部有宿存膜质褐色鳞片，周围和下部具多数细长纤维状根。
基生叶丛生，3-5片，具纤细叶柄；
叶片稍厚，卵状心形，长6-11毫米，长与宽几相等，先端钝，基部弯缺甚深，呈心形或似耳状，全缘，上面深绿色，下面粉绿色，有密而紫褐色小点，明显弧形脉5-7条；
叶柄长1.2-2厘米，扁而有棱，两边有窄翼；
托叶窄，膜质，贴生于叶柄上，早落。
茎1，中部以上或近花处具1叶（苞叶），茎生叶1，无柄，半抱茎，卵形或半圆形，长2-5毫米，先端圆，基部深心形。
花单生于茎顶，直径7-14毫米；
萼筒半球形，萼片卵状长圆形或半圆形，长约4毫米，宽约2毫米，先端圆，边缘为一窄圈薄膜质，有时为浅啮蚀状；
花瓣带白绿色倒卵状长圆形，长约7毫米，先端微凹，边缘细密啮蚀状或短流苏状，两面密被紫褐色小斑点；
雄蕊5，花丝扁，基部扩大，长3-4毫米，花药小，近球形，顶生，纵裂，花丝长度为花瓣长度1/2；
退化雄蕊5，外形似短匙形，顶端不裂，比雄蕊短近1/2，柄直头部顶端全缘或有时不明显3圆齿；
子房球形，花柱稍长，柱头3裂。
蒴果顶端扁球形；
种子多数。
花期7-8月，果期9月。
