指裂梅花草，多年生草本，高14-19厘米，直立，柔弱。
根状茎形状多样，常呈块状、圆柱状或不规则形状，其上有残存褐色鳞片，周围有细长纤维状根。
基生叶2-3，有长柄；
叶片肾形或卵状心形，长1.6-3.5厘米，宽2.5-4厘米，先端圆，带突尖圆头，基部弯缺甚深呈深心形，全缘，上面褐绿色，下面色淡，具7-9条弧形叶脉；
叶柄长5-9厘米，扁平，两侧膜质有棱条；
托叶膜质，大部贴生于叶柄，边有流苏状毛。
茎1-4，在中部以上具1茎生叶（苞叶），茎生叶卵状心形，长1.2-2.9厘米，宽1-2.5厘米，先端圆，带突起圆头，基部深心形，具明显7-9条弧形脉，无柄半抱茎。
花单生于茎顶，直径2.5-3厘米；
萼片质地粗糙，卵状披针形或披针形，长6-7毫米，宽约2.5毫米，先端圆钝，内面有紫色小斑点，外面中脉明显；
花瓣淡黄绿色，窄长圆形，长1.2-1.5厘米，宽3-3.8毫米，先端渐尖，基部楔形下延成长约4毫米，宽约0.5毫米之爪，边有疏、披针状，长约1-1.5毫米之流苏状毛，具明显3条脉；
雄蕊5，花丝长6-7毫米，扁平，向基部逐渐加宽，花药长圆形，长约1.2毫米，顶生；
退化雄蕊5，具长约1.8毫米、宽约1.1毫米之柄，头部3裂，两侧裂片长，披针形，长达1.5毫米，先端钝而向内弯，全缘，达花丝长度1/2，中间裂片很短，直立，呈三角状深齿，为两侧裂片长度的1/3-1/2；
子房上位，花柱长1.8毫米，柱头3裂，裂片长圆形，花后反折。
蒴果顶端扁的倒三角状卵球形，各角略加厚，3裂；
种子多数，长圆形，黑褐色，有光泽，沿整个缝线着生。
花期7-8月，果期9月。