短柱梅花草，多年生草本，高11-23厘米。
根状茎圆柱形，块状等形状多样，其上有褐色膜质鳞片，其下长出多数较发达纤维状根。
基生叶2-4，具长柄；
叶片卵状心形或卵形，长1.8-2.5厘米，宽1.5-3.5厘米，先端急尖，基部弯缺甚深呈深心形，全缘，上面深绿色，下面淡绿色，有5-7 (-9) 条脉；
叶柄长3-9厘米，扁平，向基部逐渐加宽；
托叶膜质，大部贴生于叶柄，边有流苏状毛，早落。
茎2-4，近中部或偏上有1茎生叶，茎生叶与基生叶同形，通常较小，其基部常有铁锈色的附属物，有时结合成小片状，无柄半抱茎。
花单生于茎顶，直径1.8-3 (-5) 厘米；
萼筒浅，萼片长圆形、卵形或倒卵形，长4-6毫米，宽3-4毫米，先端圆，全缘，中脉明显，在基部和内面常有紫褐色小点；
花瓣白色，宽倒卵形或长圆倒卵形，长1-1.5 (2.5) 厘米，宽5-10毫米，先端圆，基部渐窄成楔形，具长约1.8-4毫米之爪，上部2/3的边缘呈浅而不规则啮蚀状，1/3之下部具短而流苏状毛，有5-7条紫红色脉，并布满紫红色小斑点；
雄蕊5，花丝长约5毫米，向基部逐渐加宽达1.2毫米（常有一种短花丝，长仅1.2毫米），花药椭圆形，长约2毫米，顶生，药隔连合并伸长呈匕首状，长度不等，先端渐尖；
退化雄蕊5，长2.5-4毫米，具长约2毫米、宽约1.5毫米之柄，头部宽约4.5毫米，先端浅3裂，裂片深度为头部长度1/4-1/3，为全长1/6或更短，披针形或长圆形，先端渐尖或截形，偶有呈盘状或头状，中间裂片短而窄，为两侧裂片宽度1/3，两侧裂片先端常出现2裂，全长为花丝长度1/2；
子房卵球形，花柱短，不伸出退化雄蕊之外，偶有伸出者，柱头3裂，裂片短。
蒴果倒卵球形，各角略加厚；
种子多数，长圆形，褐色，有光泽。
花期7-8月，果期9月开始。
