小花月见草，直立二年生草本，具主根；
茎高30-150厘米，不分枝或分枝，疏被曲柔毛、长毛与腺毛，有时在下部仅被曲柔毛，在上部生具疱状基部的长毛。
基生叶狭倒披针形或狭椭圆形，鲜绿色，长10-25厘米，宽1-3.5厘米，先端锐尖，基部渐狭，边缘具浅齿，下部具浅波状齿，侧脉10-12对，白色或红色，两面疏被曲柔毛；
叶柄长5-10毫米；
茎生叶披针形至狭卵形或狭椭圆形，长5-16厘米，宽1-2.8厘米，先端锐尖或长锐尖，基部渐狭或楔形，边缘具浅齿，侧脉6-8对，两面疏被曲柔毛；
叶柄0-5毫米。
花序穗状，生茎枝顶部，有时分枝，直立或弯曲上升；
苞片狭卵形至披针形，长1.5-5厘米，宽0.5-1.5厘米，两面疏生曲柔毛、腺毛与长毛。
花蕾狭长圆状，长0.8-1.5厘米，径3-5毫米；
花管淡黄色，长2.5-4厘米，径约1毫米，近无毛，或具腺毛与长毛；
萼片绿色或黄绿色，开放时稍变红色，狭披针形，长0.8-1.7厘米，宽2.5-4毫米，彼此靠合，先端离生，长1-5毫米，开放时反折，毛被同花管上的；
花瓣黄色或淡黄色，先端微凹；
花丝长7-13毫米；
花药长3.5-6毫米，花粉约长7-13毫米；
花药长3.5-6毫米，花粉约50％发育；
子房锥状圆柱形，长1-1.3厘米，径1.5-2毫米，被曲柔毛，混生稀疏的长柔毛与腺毛；
花柱长2.5-5厘米，伸出花管部分长0.2-1厘米；
柱头低于或围以花药，裂片长2.5-6毫米。
花粉直接授在裂片上。
蒴果锥状圆柱形，长2-4厘米，径3.5-5毫米，顶端渐狭，绿色，干时变黑色，毛被同子房，但较稀疏，甚至渐变无毛。
种子褐色或黑色，棱形，长1-1.6毫米，径0.5-1毫米，具棱角，各面具不整齐洼点。
花期7-9月，果期10月。
