小花月见草的萼片绿色或黄绿色，开放时稍变红色，狭披针形，长0.8-1.7厘米，宽2.5-4毫米，彼此靠合，先端离生，长1-5毫米，开放时反折，毛被同花管上的。
小花月见草的蒴果锥状圆柱形，长2-4厘米，径3.5-5毫米，顶端渐狭，绿色，干时变黑色。
小花月见草的茎高范围是30-150厘米。
小花月见草的花序是穗状花序，生于茎枝顶部，有时分枝，直立或弯曲上升。