小花月见草的花序是穗状花序，生于茎枝顶部，有时分枝，直立或弯曲上升。
小花月见草的茎高范围是30-150厘米。
小花月见草的基生叶狭倒披针形或狭椭圆形，长10-25厘米，宽1-3.5厘米。
小花月见草的蒴果锥状圆柱形，长2-4厘米，径3.5-5毫米，顶端渐狭，绿色，干时变黑色。