小花月见草的种子褐色或黑色，棱形，长1-1.6毫米，径0.5-1毫米，具棱角，各面具不整齐洼点。
7-9月
小花月见草的花序是穗状花序，生于茎枝顶部，有时分枝，直立或弯曲上升。
小花月见草的茎生叶披针形至狭卵形或狭椭圆形，长5-16厘米，宽1-2.8厘米。