高山水芹，多年生草本，高40-80厘米，光滑。
茎直立，基部匍匐，空管状，少分枝，节上生不定根。
叶片通常简化呈线形至狭卵状三角形，长6-15厘米，1-2回羽状分裂，末回裂片细小，线形，长0.5-1.5厘米，全缘，排列稀疏。
复伞形花序顶生，花序梗长5-8厘米；
总苞片1或无，线形，长0.5厘米；
伞辐4-8，不等长，长1-1.5厘米；
小总苞片5，线形，长3-3.5毫米，宽0.5毫米，小伞形花序有花20余朵；
花柄长2-3毫米；
萼齿披针形，大小不等，长0.5-0.8毫米；
花瓣白色，倒卵形，长约1毫米，宽0.6-0.7毫米，顶端有一内折的小舌片；
花柱基圆锥形，花柱直立或分叉，长约1毫米。
果实卵形或近圆形，长2毫米，宽约1.5毫米，侧棱较背棱和中棱隆起，木栓质，分生果横剖面半圆形；
每棱槽内油管1，合生面油管2。
花期6-7月，果期8-9月。
