云南枸杞，直立灌木，丛生，高50厘米；
茎粗壮而坚硬，灰褐色，分枝细弱，黄褐色，小枝顶端锐尖成针刺状。
叶在长枝和棘刺上单生，在极短的瘤状短枝上2一数枚簇生，狭卵形、矩圆状披针形或披针形，全缘，顶端急尖，基部狭楔形，长8-15毫米，宽2-3毫米，叶脉不明显；
叶柄极短。
花通常由于节间极短缩而同叶簇生，淡蓝紫色，花梗纤细，长4-6毫米。
花萼钟状，长约2毫米，通常3裂或有4-5齿，裂片三角形，顶端有短绒毛；
花冠漏斗状，筒部长3-4毫米，裂片卵形，长2-3毫米，顶端钝圆，边缘几乎无毛；
雄蕊插生花冠筒中部稍下处，花丝丝状，显著高出于花冠，长5-7毫米，基部稍上处生一圈绒毛，而在花冠筒内壁上几乎无毛，花药长0.8毫米；
子房卵状，花柱明显长于花冠，长7-8毫米，柱头头状，不明显2裂。
果实球状，直径约4毫米，黄红色，干后有一明显纵沟，有20余粒种子。
种子圆盘形，淡黄色，直径约1毫米，表面密布小凹穴。