黑果枸杞，多棘刺灌木，高20-50 (-150)厘米，多分枝；
分枝斜升或横卧于地面，白色或灰白色，坚硬，常成之字形曲折，有不规则的纵条纹，小枝顶端渐尖成棘刺状，节间短缩，每节有长0.3-1.5厘米的短棘刺；
短枝位于棘刺两侧，在幼枝上不明显，在老枝上则成瘤状，生有簇生叶或花、叶同时簇生，更老的枝则短枝成不生叶的瘤状凸起。
叶2-6枚簇生于短枝上，在幼枝上则单叶互生，肥厚肉质，近无柄，条形、条状披针形或条状倒披针形，有时成狭披针形，顶端钝圆，基部渐狭，两侧有时稍向下卷，中脉不明显，长0.5-3厘米，宽2-7毫米。
花1-2朵生于短枝上；
花梗细瘦，长0.5-1厘米。
花萼狭钟状，长4-5毫米，果时稍膨大成半球状，包围于果实中下部，不规则2-4浅裂，裂片膜质，边缘有稀疏缘毛；
花冠漏斗状，浅紫色，长约1.2厘米，筒部向檐部稍扩大，5浅裂，裂片矩圆状卵形，长约为筒部的1/2-1/3，无缘毛，耳片不明显；
雄蕊稍伸出花冠，着生于花冠筒中部，花丝离基部稍上处有疏绒毛，同样在花冠内壁等高处亦有稀疏绒毛；
花柱与雄蕊近等长。
浆果紫黑色，球状，有时顶端稍凹陷，直径4-9毫米。
种子肾形，褐色，长1.5毫米，宽2毫米。
花果期5-10月。
