黑水亚麻，多年生草本，高25-60厘米。
根为直根系，根颈木质化。
茎多数，丛生，直立，中部以上分枝，基部木质化；
具密集线形叶的不育枝。
叶互生或散生，狭条形或条状披针形，长15-20毫米，宽约2毫米，先端锐尖，边缘稍卷或平展，1脉。
花多数，排成稀疏的聚伞花序；
花梗纤细；
萼片5，卵形或椭圆形，长4-5毫米，先端有短尖，基部有明显凸起的5脉，侧脉仅至中部或上部；
花瓣蓝紫色，倒卵形，长12-15毫米，宽4-5毫米，先端圆形，基部楔形，脉纹显著；
雄蕊5，花丝近基部扩展，基部耳形；
子房卵形，花柱基部连合，上部分离（未见花）。
蒴果近球形，直径约7毫米，草黄色，果梗向下弯垂。
花期6-7月，果期8月。
