短柱亚麻，多年生草本，高10-30厘米。
直根系，粗壮，根茎木质化。
茎多数丛生，直立或基部仰卧，不分枝或上部分枝，基部木质化，具卵形鳞片状叶；
不育枝通常发育，具狭的密集的叶。
茎生叶散生，线状条形，长7-15毫米，宽0.5-1.5毫米，先端渐尖，基部渐狭，叶缘内卷，1脉或3脉。
单花腋生或组成聚伞花序，花直径约7毫米；
萼片5，卵形，长约3.5毫米，宽约2毫米，先端钝，具短尖头，外面3片具1-3脉或间为5脉，侧脉纤细而短，果期中脉明显隆起；
花瓣倒卵形，白色或淡蓝色，长为萼片的2倍，先端圆形、微凹，基部楔形；
雄蕊和雌蕊近等长，长约4毫米。
蒴果近球形，草黄色，直径约4毫米。
种子扁平，椭圆形，褐色，长约4毫米，宽约2毫米。
花、果期6-9月。
